Jumat, 13 Oktober 2017

PHARMACOPHORE



PHARMACOPHORE IDENTIFICATION

Farmakofor adalah susunan tiga dimensi dari atom dalam molekul obat yang memungkinkan untuk berikatan dengan reseptor yang diinginkannya dan bertanggung jawab dengan respon  biologis karena terikat dengan reseptor yang dikehendakinya
Definisi resmi dari IUPAC, 1998:
"Farmakofor adalah sekumpulan fitur sterik dan elektronik yang penting untuk menjamin interaksi supramolekular yang optimal dengan struktur target biologis yang spesifik  dan untuk memicu (atau menghambat respons biologisnya".

Farmakofor sendiri tidak mewakili molekul ataupun gugus fungsi, tetapi lebih pada konsep abstrak pada kapasitas interaksi molekuler
Farmakofor merupakan deskripsi abstrak dari fitur molekul yang penting untuk rekognisi molekul ligan berdasarkan fungsi makromolekul biologisnya. Menurut (IUPAC), framakofor merupakan ensembel fitur sterik dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan interaksi supramolekuler interaksi yang optimal dengan struktur biologis target yang spesifik dan untuk memicu atau memblok respon biologisnya. Farmakofor tidak merepresentasikan kondisi nyata molekul atau asosiasi gugus fungsional secara nyata, namun merupakan konsep abstrak yang berhubungan dengan kapasitas interaksi molekuler secara umum dari kelompok senyawa berkaitan dengan struktur targetnya. Farmakofor dapat didefinisikan sebagai denominator umum terbesar yang ditunjukan oleh set molekul yang aktif.
Identifikasi farmakofor

  • ·         Menentukan posisi 3D obat dengan target

  • ·         Mengetahui gugus penting dapat terikat dengan reseptor

  • ·         Untuk mengetahui konformasi aktif dari molekul

  • ·         Penting sebagai dasar merancang obat

  • ·         Penting dalam hal menemukan obat baru

Struktur dua dimensi farmakofor
Mendefenisikan kerangka minimum yang menghubungkan kelompok pengikat penting.
Contoh : Morphine
Analog Morphine : Metazocine dan Levorphanol

Struktur tiga dimensi farmakofor
Mendefinisikan posisi relative di ruang kelompok pengikat penting. konformasi aktif diadopsi oleh suatu obat ketika terikan tengan site target. identifikasi konformasi aktif dilakukan untuk mengidentifikasi farmakofor 3D. Ada beberapa ikatan yang dapat di identifikasi berdasarkan struktur 3 dimensi suatu molekul, yaitu :
Ikatan Van der Waals : ialah gaya tarik-menarik antara atom atau molekul, dimana gaya ini relatif jauh lebih lemah dibandingkan gaya yang timbul karena ikatan valensi dan besarnya gaya ini ialah 10-7 kali jarak antara atom-atom atau molekul-molekul. Gaya Van Der Waals terjadi akibat interaksi antara molekul-molekul non polar (Gaya London), antara molekul-molekul polar (Gaya dipole-dipol) atau antara molekul non polar dengan molekul polar (Gaya dipole-dipol terinduksi). Ikatan Van Der Waals terdapat antar molekul zat cair atau padat dan sangat lemah. Gaya Van Der Waals dahulu dipakai untuk menunjukkan semua jenis gaya tarik-menarik antar molekul. Namun kini merujuk pada pada gaya-gaya yang timbul dari polarisasi molekul yang terlemah menjadi dipole seketika. Pada saat tertentu, moleku-molekul dapat berada dalam fase dipole seketika ketika salah satu muatan negative berada di sisi tertentu. Dalam keadaan dipol ini, molekul dapat menarik atau menolak electron lain dan menyebabkan atom lain menjadi dipole. Gaya tarik menarik yang muncul sesaat ini merupakan gaya Van Der Waals.
Ikatan ion merupakan suatu ikatan yang terjadi pada atom yang memiliki muatan yang besarnya sama tapi mempunyai muatan yang berlawanan tanda. Ikatan ion terbentuk sebagai akibat adanya gaya tarik menarik antara ion positif dan ion negatif. Ion positif terbentuk karena unsur logam melepaskan elektronnya, sedangkan pada ion negatif terbentuk karena unsur nonlogam menerima elektron. Ikatan ion terjadi karena adanya serah terima elektron. Atom-atom membentuk suatu ikatan ion karena masing-masing atom ingin mencapai keseimbangan/kestabilan seperti struktur elektron gas mulia. Contoh yang paling umum dari ikatan ion yaitu  pembentukan natrium klorida di mana sebuah atom natrium menggabungkan dengan atom klorin.
Ikatan hidrogen adalah gaya tarik antar-molekul yang terjadi antara atom hidrogen yang terikat dengan atom sangat elektronegatif (N, O, atau F) dan pasangan elektron bebas dari atom sangat elektronegatif lainnya. Ikatan ini muncul sebagaimana ikatan N—H, O—H, dan F—H bersifat sangat polar, di mana muatan parsial positif pada H dan muatan parsial negatif pada atom elektronegatif (N, O, atau F). Sebagai contoh, ikatan hidrogen terdapat pada antar molekul H2O dan antar molekul NH3

 sumber :
http://www.gurupendidikan.co.id/ikatan-ion-pengertian-ciri-dan-syarat-terjadinya-beserta-contohnya-lengkap/
http://www.studiobelajar.com/ikatan-hidrogen/
https://id.wikipedia.org/wiki/Farmakofor


pertanyaan :
1. Apa bagian atau gugus penting (sisi aktif) dari morfin
2.  Apa yang dimaksud dengan konformasi aktif 
3. Apa contoh dari ikatan van der waals
4. Sebutkan contoh dari farmakofor 3D
5. Mengapa posisi 3D obat atau farmakofor penting untuk diketahui

9 komentar:

  1. assalamualaikum,saya akan mejawab soal no 3 ,yaitu faramkofor morfin dan aspirin

    BalasHapus
  2. Saya mgkn hanya menambahkan poin mengenai soal nmr 2Konformasi aktif diperlukan untk mengidentifikasi farmakofor 3D

    BalasHapus
  3. terkait pertanyaan nmor 2 :
    sebuah bentuk stereoisomerisme dari molekul-molekul dengan rumus struktural yang sama namun konformasi yang berbeda oleh karena rotasi atom pada ikatan kimia
    maaf kalo salah kak :)

    BalasHapus
  4. Saya akan mencoba menjawab pertanyaan no 5. Menurut saya struktur 3D atau farmakofor suatu obat penting diketahui untuk menentukan gugus aktif yang berperan penting dalam ikatan obat dengan reseptor. Sehingga dengan mengetahui hal tersebut kita dapat merancang struktur obat yang tepat untuk dapat berikatan dengan reseptor supaya dapat meningkatkan efektivitasnya

    BalasHapus
  5. Saya akan mencoba menjawab pertanyaan no 3.
    Contoh gaya van der waals terdapat pada senyawa hidrokarbon. Misalnya pada senyawa CH4. Perbedaan keelektronegatifan C (2.5) dengan H (2.1) sangat kecil, yaitu sebesar 0.4.

    BalasHapus
  6. saya akan menjawab no 1
    struktur yang memiliki peran penting dalam analgesik dalam morfin adalah:
    1. Struktur bidang datar yang mengikat cincin aromatik obat melalui ikatan van der wall.
    2. tempat anionik yang berinteraksi dengan pusat muatan positif obat.
    3.lubang anang sesuai untuk -CH2-CH2- dari proyeksi cincin piperidin

    BalasHapus
  7. 2. Konformasi aktif adalah suatu penataan ruang tertentu dari atom – atom dalam molekul

    BalasHapus
  8. untuk soal nomor 1, ada beberapa bagian dari morfin yang memang apabila dilakukan modifikasi akan memperkuat atau melemahkan efek analgetiknya, seperti :
    eterifikasi dan esterifikasi gugus hidroksil fenol akan menurunkan aktivitas analgesik
    • eterifikasi, esterifikasi, oksidasi atau penggantian gugus hidroksil alkohol dengan halogen atau hidrogen dapat meningkatkan aktivitas analgesik
    • perubahan gugus hidroksil alkohol dari posisi 6 ke posisi 8 menurunkan aktivitas analgesik.
    • pengubahan konfigurasi hidroksil pada C6 dapat meningkatkan aktivitas analgesik
    • hidrogenasi ikatan rangkap c7-C8 dapat menghasilkan efek yang sama atau lebih tinggi
    • substansi pada cincin aromatik akan mengurangi aktivitas analgesik
    • pemecahan jembatan eter antara C4 dan C5 menurunkan aktivitas
    • pembukaan cincin piperidin menyebabkan penurunan aktivitas

    BalasHapus
    Balasan
    1. jadi intinya terletak pada gugus fenolik dan karboksil nya kak..

      Hapus